La chiesa di San Nicolò dei Cordari, probabilmente costruita durante la dominazione normanna (XI secolo), nel 1577 venne concessa ai cordari e divenne una chiesa di corporazione, non distante dal loro cantiere, la Grotta dei Cordari. Costruita su una balza rocciosa, è orientata est-ovest, misura metri 16 x 8 e ha pianta rettangolare a unica navata che termina con abside semicircolare. La chiesa insiste su un monumento ipogeico, la cosiddetta "Piscina Romana" (metri 20 x 7), serbatoio idrico alimentato da un ramo dell'acquedotto greco e collegato al sistema idrico del vicino anfiteatro. L'acqua raccolta veniva convogliata nell'arena dell'anfiteatro per la pulizia dello stesso e, forse, per inscenarvi battaglie navali. Nel periodo bizantino fu adibita a Chiesa sotterranea; verso la fine del XVII secolo, gli anni della peste, fu convertita a fossa comune.
Negli anni '90 del XX secolo, durante restauri del tetto e della pavimentazione curati dalla Soprintendenza Archeologica di Siracusa, al di sotto del primo piano pavimentale sono emerse sepolture appartenenti alla vicina Latomia del Paradiso, soprattutto tombe databili I-II secolo d.C.: a fossa, a bauletto e a cappuccina; sono state rinvenute urne di terracotta utili per il rito dell'incinerazione.