La Catacomba di San Giovanni fu iniziata nel IV secolo sulla struttura di un preesistente acquedotto greco che venne scavato e allargato per ottenere ampie gallerie e rotonde con diverse tipologie di sepolture: loculi, arcosoli e fosse terragne. Vi si trovano: il Sarcofago di Adelfia, monumento marmoreo di singolare bellezza interamente scolpito, e l'iscrizione di Euskia "l'ombrosa" che attesta la devozione a Santa Lucia, patrona di Siracusa, fin dal V secolo. Le tipologie di sepoltura rinvenute sono quelle canoniche: loculi (piccole cavità rettangolari per l'inumazione di bambini), arcosoli (tombe più complesse, spesso affrescate, che potevano ospitare anche intere famiglie) e fosse terragne (scavate nel suolo, meno nobili, tipiche dello sfruttamento intensivo della necropoli). La Catacomba di S. Giovanni è stata costruita seguendo l'impianto di un precedente acquedotto greco, secondo una pianta che ricalca quella dell'accampamento militare romano, il castrum. Dall'unico ingresso si diparte il decumanus maximus, la galleria principale, dalla quale si diramano cinque cardines a nord e altrettanti a sud. Queste gallerie conducono a rotonde, funzionali ai riti e alla preghiera, ricavate dalle cisterne del preesistente acquedotto. La prima rotonda che si incontra nella zona meridionale è quella di Marina. A sud della rotonda si imbocca una breve galleria che conduce all'arcosolio del vescovo Siracosio, al di sotto del quale si distinguono il monogramma di Costantino e due barche a forma di pesce. Per i primi cristiani la barca simboleggiava la Chiesa; il pesce era un acrostico le cui lettere iniziali in greco (ictus) formano la frase "Gesù Cristo figlio di Dio Salvatore". Da quella di Marina si passa alla rotonda di Adelphia. Qui nel 1872 l'archeologo Cavallari portò alla luce un sarcofago in marmo, oggi conservato al Museo "Paolo Orsi" a Siracusa, sul quale erano scolpiti 62 personaggi e scene dell'Antico e del Nuovo Testamento: al centro una conchiglia che ospita i busti di Adelphia e del marito, il proconsole Valerio. Proseguendo si trova la Rotonda dei Sarcofagi (o delle sette vergini); il ritrovamento di un'iscrizione dedicata alle beate vergini Filomena e Fotina, permette di ipotizzare la loro appartenenza a una delle prime comunità monastiche. Tornando indietro si trova il Cubicolo di Eusebio, piccola cisterna quadrangolare dove fu rinvenuta la sepoltura che ha temporaneamente ospitato le spoglie del Papa Eusebio prima che fossero traslate nelle catacombe di Callisto a Roma. Sempre in questa ex cisterna è stata ritrovata una testimonianza epigrafica, che data la morte di Euskia nel giorno della festività di Santa Lucia (patrona di Siracusa), il 13 dicembre; l'iscrizione è di assoluta rilevanza dal momento che attesta la devozione e il culto per la santa già nel V secolo. Ripercorrendo un tratto del decumanus maximus, ci imbattiamo nell'arcosolio interamente affrescato di Deodata. Nella parte superiore è raffigurato Cristo nell'atto di incoronare la defunta, gesto che simboleggia il suo ingresso in Paradiso; ai lati gli apostoli Pietro e Paolo. Nel lato settentrionale della catacomba, percorrendo il decumanus minor, incontriamo la rotonda di Antiochia, un vero e proprio pantheon realizzato nel sottosuolo al quale si accede mediante una scala. Sulle pareti vi sono tracce di colonne sormontate da capitelli. All'inizio della seconda galleria settentrionale della catacomba ritroviamo la cosiddetta "Tomba del Santo" sulla cui lastra di copertura vi sono segni di un rito antico: il refrigerium, banchetto funebre celebrato nel dies natalis. Attraverso i tre fori della lastra venivano versati vino, latte e miele che arrivavano alla bocca del defunto mediante tubicini in rame. La catacomba, come la vicina basilica, ha subito la profanazione dei popoli invasori arrivati a Siracusa, Vandali, Goti e Saraceni. Queste ripetute violazioni hanno lasciato della necropoli solamente lo "scheletro denudato", per usare le parole dell'archeologo Paolo Orsi: fu proprio lui che cominciò a indagare con una certa sistematicità, nei primi anni del XX secolo, questa "città sotterranea dei morti".